A koponya CT-vel vizsgálhatóak az agy kitágult erei, vérzései, cisztái, daganatai, ödémái, koponyatörések és más degeneratív vagy időskori elváltozások.
Koponya CT vizsgálat elvégzését akkor tarthatja indokoltnak orvosa, ha az MR vizsgálat kontraindikált, vagy a páciens eszméletlen, illetve pacemakere, és nem MR kompatibilis aneurizma klipje van.