Nem végezhető el a vizsgálat abban az esetben, ha a sérülés jellegéből adódóan feltételezhető, hogy a szemüregben fémtartalmú idegen test (fémszilánk) van. A fém jelenlétének kizárására először orbita CT vizsgálatot szükséges végezni, és ha bizonyíthatóan nincs fém a szervezetben, elvégezhető a szemüregi MR vizsgálat is.
Nem MR kompatibilis fém, implantátum, protézis (szívritmus szabályozó, ortopédiai fémanyag: csavar, lemez, szeg, drót), beültetett ízületi protézis, művégtag, beültetett defibrillátor, neurostimulátor, beültetett gyógyszeradagoló, vascularis implantátumok (pl.: klipek, érelzáró eszközök), fülészeti implantátumok, fém idegentest (pl.: lövedék, szilánk), egyéb elektronikus implantátumok) esetén a vizsgálat nem végezhető el. Ezek az erős mágneses térben a vizsgálat során elmozdulhatnak a helyükről, és súlyos esetben sérülést okozhatnak.
Ezért kérjük, hogy implantátum, beültetett fém, protézis esetén annak MR vizsgálatra való alkalmasságáról hozzáértő (beültetést végző szakorvos, intézmény) által hitelesített, írásbeli igazolást hozzon magával a vizsgálatra, melyen egyértelműen szerepel: az MR vizsgálóhelyiségbe való bevitelre, MR vizsgálat elvégzésére való alkalmasság és az eszközt, implantátumot érhető maximális mágneses térerősség (1,5 Tesla, 3 Tesla) megjelölése. Az implantátumról a vizsgálat előtt tájékoztassa a vizsgálatot végző személyt.
Kontrasztanyagos vizsgálat esetén rossz vesefunkciós értékkel nem végezzük el a vizsgálatot.
A terhesség első trimeszterében az MR vizsgálat a fejlődő magzat fizikai hatásokra való nagyfokú érzékenysége miatt csak akkor végezhető el, ha az anya, vagy a magzat szempontjából elengedhetetlenül fontos, ebben az esetben is csak a radiológus és a klinikus egyeztetését követően. A terhesség további idejében is lehetőleg csak sürgősségi állapotokban végezzük el.
A zárt cső fix átmérője miatt 200 kg felett, illetve haskörfogattól függően nem tudjuk elvégezni a vizsgálatot.