Agyalapi mirigy MR vizsgálatot számos betegség gyanúja esetén elrendelhet az orvos. Ilyen például a kóros elhízás, a meddőség, a növekedési zavar – alacsony növés gyanúja–, a pajzsmirigy betegségei, a nemi hormonok zavara.
De indokolhatja ezt a vizsgálatot az agyalapi mirigy daganatának gyanúja, a magas prolaktin hormon szint is, ilyenkor sella CT vizsgálat lehetősége is felmerül. Az agyalapi mirigy MR-el a hiányzó vagy kicsi elülső lebeny és a hipotalamusz alaktani elváltozásai is kimutathatók.